В составе факультета успешно работают несколько научных учреждений, в том числе получивших международное признание. Среди них - Центр гендерных исследований (директор - доцент О.В. Шнырова), Археологический центр (руководитель - доцент Е.Л. Костылева), Лаборатория постсоветских исследований (руководитель - профессор С.М. Усманов). Преподаватели факультета активно сотрудничают с Научным центром по проблемам церковной истории при Иваново-Вознесенской духовной семинарии и рядом других исследовательских учреждений. Так, во главе обновлённого Областного краеведческого общества стоит профессор К.Е. Балдин. В руководство этого общества входят и другие преподаватели факультета. Традиционными стали международные научные конференции "Церковь, государство и общество в истории России ХХ века", которые проводятся при активном участии наших учёных.
